Setelah dua minggu, kopi diperkenalkan kembali ke dalam diet mereka melalui metode single-blind (peserta tidak mengetahui apakah mereka mengonsumsi kopi berkafein atau tanpa kafein), memungkinkan peneliti mengamati efek murni dari senyawa kopi.
Temuan 1: Transformasi Signifikan pada Mikrobioma Usus
Perubahan paling mencolok terjadi di ekosistem usus. Setelah dua minggu pantang, profil metabolit (senyawa kimia kecil hasil metabolisme) pada mantan peminum kopi berubah secara drastis dibandingkan dengan kelompok non-peminum.
Lebih lanjut, reintroduksi kopi memicu pertumbuhan bakteri menguntungkan tertentu. Studi ini mencatat peningkatan bakteri seperti Agathobacter (yang berperan dalam produksi asam lemak rantai pendek) dan Cryptobacterium curtum (terkait dengan metabolisme asam empedu).
Lingkungan usus yang kaya akan bakteri ini diketahui dapat menghambat pertumbuhan patogen dan memperkuat integritas lapisan usus.
Secara khusus, terdapat peningkatan signifikan pada bakteri dari filum Verrucomicrobia (sering kali merujuk pada genus Akkermansia muciniphila, yang dalam beberapa terjemahan populer keliru disebut sebagai “Vermicelli”).
Bakteri ini adalah indikator emas kesehatan usus, berperan vital dalam menjaga lapisan lendir usus, mengatur metabolisme glukosa, dan mengurangi peradangan sistemik.





