Ketua DPA
Tidak lama setelah Indonesia memproklamirkan kemerdekaannya, guna menyempurnakan struktur kenegaraan, beberapa lembaga di bentuk untuk membantu presiden dan wakil presiden di pemerintahan. Salah satu lembaga yang di bentuk adalah Dewan Pertimbangan Agung (DPA) di mana Margono di tunjuk sebagai ketua. Margono selama menjabat sebagai ketua DPA bertugas memberikan nasihat kepada pemerintahan.
Jabatan Ketua DPA yang di emban Margono tidak berjalan lama, kemudian posisinya di tukar menjadi anggota. Setelah itu, pada tahun 1946, Margono membentuk Bank Nasional Indonesia. Ketika pemerintah Indonesia hijrah ke Yogyakarta, Margono pun turut memindahkan BNI kesana. Pada 26 Januari 1946, ketika sehabis memimpin rapat tentang distribusi bahan makanan, ia mendapat kabar bahwa anaknya Sujono dan Subianto gugur dalam pertempuran dengan pasukan Jepang di Tangerang yang kemudian di kenal dengan Peristiwa Lengkong.
Selamatkan 7 Ton Emas
Ketika Indonesia berusaha berjuang secara di plomasi untuk mendapat pengakuan secara de facto dari negara lain, Margono terlibat di dalamnya. Salah satu usaha diplomasi yang di lakukan oleh Perdana Menteri Sjahrir adalah pengiriman beras ke India. Mengingat di samping menjabat sebagai direktur BNI, Margono juga berperan sebagai pejabat yang mengurusi masalah persediaan pangan bagi rakyat Indonesia.
Tidak hanya sebatas itu, keterlibatan Margono dalam mempertahankan kemerdekaan Indonesia adalah ketika Margono menyelamatkan aset BNI berupa emas seberat tujuh ton saat Belanda melancarkan Agresi Militer II pada tahun 1948. Saat itu Margono berhasil menjual emas ke Macau dan hasil penjualan di peruntukkan bagi perjuangan Indonesia, yakni masalah penyediaan bahan pangan, biaya diplomasi, serta persediaan perang melawan Belanda. Peran Margono masih berlanjut hingga Indonesia mencapai pengakuan secara de facto maupun de jure setelah di lakukannya perundingan Konferensi Meja Bundar (KMB).
Pada tahun 1950, Margono membentuk Yayasan Hatta yang bergerak dibidang ilmu pengetahuan dan pendidikan. Tujuan dibentuknya yayasan tersebut adalah untuk meningkatkan kecerdasan penerus bangsa kedepannya. Margono Djojohadikusumo wafat tanggal 25 Juli 1978 di Jakarta, dan dimakamkan di pemakaman keluarga di Dawuhan, Banyumas, Jawa Tengah. (Dari berbagai sumber)
