Seusai nyantri, Kiai Ali kembali ke Tuban dan aktif berorganisasi di Gerakan Pemuda Islam Indonesia (GPII). Ia juga aktif sebagai seorang pegawai di bawah Kementerian Agama. Tepatnya, menjadi Kepala Kantor Urusan Agama (KUA) di kecamatan hingga promosi menjadi Kepala Kementerian Agama (Kemenag) di tingkat kabupaten.
Pada tahun 1955, Kiai Ali terpilih sebagai anggota Konstituante mewakili Partai NU Cabang Bali. Pada 1962, ia memutuskan pindah ke Banyuwangi dan dipercaya menjadi Ketua Cabang NU Banyuwangi.Selama di Banyuwangi inilah, Kiai Ali melahirkan karya fenomenal Shalawat Badar .
Ada kisah yang sangat menyita perhatian sesaat sebelum Kiai Ali menulis Shalawat Badar. Kiai Ali bermimpi didatangi orang berjubah putih yang diduga para ahli perang badar. Dalam keputusan Muktamar ke-28 NU di Krapyak, Yogyakarta, Shalawat Badar dikukuhkan menjadi Mars Nahdlatul Ulama (NU).
Keputusan ini ditegaskan kembali oleh KH Abdurrahman Wahid (Gus Dur) saat menjabat ketua PBNU pada Muktamar ke-30 di Lirboyo Kediri. Pada Harlah ke-91 NU, Kiai Ali juga dianugerahi tanda jasa Bintang Kebudayaan atas karyanya ini.
“Awalnya banyak yang tidak tahu siapa penulis Shalawat Badar sebelum Gus Dur menyebutkan Kiai Ali sebagai pengarangnya. Saat itu Gus Dur takut Shalawat Badar diakui orang luar. Gus Dur minta saya bawakan data penguat bila Kiai Ali memang penulis Shalawat Badar ke Jakarta,” papar Kiai Syakir.
Pasca dibahas oleh Gus Dur, nama Kiai Ali terus jadi bahan pembicaraan di kalangan para ahli sejarah dan budayawan, terutama dari kalangan Nahdliyin. Sehingga akhirnya banyak para peziarah dari berbagai daerah datang ke Desa Maibit untuk ziarah dan membuktikan kebenaran ucapan Gus Dur.
Saat ini di makam Kiai Ali tertulis prasasti Shalawat Badar yang terletak di bagian barat makam. Setiap hari selalu ada yang berziarah ke makam, terutama para santri yang belajar di pesantren milik putra-putrinya di sekitar pesantren.
“Saya hanya menjelaskan sesuai yang dituliskan Abah saja. Saya fotokopikan catatan abah dan tak kasih kepada yang minta,” ungkap Kiai Syakir.
