Ia juga menjadi salah satu pendiri Kontras (Komisi untuk Orang Hilang dan Korban Tindak Kekerasan) bersama Munir Said Thalib yang wafat diduga diracun di era Orde Baru.
Tak cuma itu, Bambang Widjojanto termasuk pendiri Konsorsium Reformasi Hukum Nasional (KRHN), dan Indonesia Corruption Watch (ICW).
Dari aktivitasnya di bidang hak asasi manusia, Bambang Widjojanto pernah diganjar penghargaan “Robert F. Kennedy Human Rights Award”, pada 1993.
Pada tahun 2011, tepat usia 52 tahun, Bambang terpilih sebagai anggota komisi Pemberantasan Korupsi (KPK).
Dia menjadi wakil Ketua KPK periode 2011-2015. Namun, setahun masa jabatannya berakhir, Bambang mengundurkan diri karena dinyatakan tersangka oleh Bareskrim Polri atas dugaan pemalsuan saksi dalam perkara Pilkada.
Pada 4 Maret 2016, Jaksa Agung HM Prasetyo mengumumkan keputusan untuk mengesampingkan perkara dua mantan pemimpin KPK, Abraham Samad dan Bambang Widjojanto.
Karirnya yang terakhir sebagai pejabat birokrasi, saat Anis Baswedan menjadi Gubernur DKI Jakarta, Bambang diangkat sebagai salah satu anggota TGUPP, dari 2017 hingga 2022.
